两者差别很大，适用法律法规。补偿计算方法不同，差异特别大，主要从以下几个方面：

　　1.法律法规的适用。

　　城中村形成的原因大多是2004年以前城市扩张留下的问题，即土地或集体土地，但在城市规划区，甚至一些城中村地理位置非常优越，2004年以后，由于这种方法超越了土地征收程序，经营非常混乱，形成了城中村。再次拆迁时，由于土地性质或集体土地，各地参照《国有土地上房屋征收补偿条例》或适用《集体土地上房屋拆迁管理办法》。

　　棚户区改造实际上是指城市房屋征收，必须按照《国有土地上房屋征收补偿条例》的规定征收。

　　2.补偿计算方法不同。

　　根据适用的法律法规，棚户区改造应采用市场比较法计算被征用房屋的补偿金额，城中村拆迁可能有多种计算方法，通常将房屋重置为新价格(房屋建筑价格)计算被拆迁房屋。

　　3.程序不同。

　　棚户区通常按照征收程序进行家庭调查。制定征收补偿计划。正式发布征收补偿计划。选择评估公司。征收公告。评估。谈判。发布征收补偿决定。申请法院强制拆迁等等，不包括预征收程序，程序非常复杂。

　　城中村改造程序与棚户区有很大不同，如：补偿方案是否征求拆迁户的意见。选择评估公司的程序。是否有裁决程序、行政机关强制拆迁(一般不需要申请法院强制拆迁)等，程序相对混乱。

　　除上述不同情况外，无论是城中村改造还是棚户区改造，拆迁户的补偿价格一般都不合理。还有一些城中村的土地性质发生了变化。根据农村集体土地拆迁补偿，北京英奇律师事务所代理的一起案件就是这样。集体土地早在十年前就变成了国有土地有土地。拆迁过程中，农村集体土地仍在拆迁。因此，如果遇到这两种拆迁方式，一定要多注意法律法规的适用。补偿是否合理有问题，建议咨询专业征收拆迁律师。